与其他球员不同，马凯转会拜仁颇具戏剧性。 2002-03赛季欧冠小组赛，拜仁与拉科鲁尼亚狭路相逢。虽然当时埃芬博格离队，但拜仁2001年冠军队的主力还在，整体实力还在。赛前没人认为拉科鲁尼亚能够获胜，但马凯在比赛中上演帽子戏法，几乎单枪匹马击败拜仁。他的精彩表现也给拜仁管理层留下了深刻的印象。当两队再次相遇时，尽管拜仁整场比赛对麦凯防守严密，但麦凯还是打进了制胜球，拜仁再次输给了超级拉科鲁尼亚。那个赛季德甲幽灵进球，马凯还以西甲29粒进球夺得了欧洲金靴，这也让拜仁想要挖走马凯。
2003年经过艰苦谈判，拜仁以1875万欧元收购了马凯，这也打破了拜仁当时的转会费纪录。但马凯加盟拜仁后，立即证明赫内斯做了一笔很好的交易。麦凯很快成为球队的关键球员，并牢牢地将德甲金靴埃尔伯放在了替补席上。埃尔伯随后不得不前往里昂寻找机会。马凯在拜仁的前三个赛季德甲幽灵进球，每个赛季马凯的进球数都超过20个。他不仅加冕球队最佳射手，还帮助球队连续两年夺得国内双冠王。
2007年欧冠四分之一决赛，拜仁再次遭遇皇马。虽然两支球队都不再像以前那么勇猛了。不过两队的对决就像火星撞地球一样，还是引起了很多人的关注。拜仁主场比赛，马凯创造了欧冠最快进球纪录，仅用10.12秒就帮助球队取得领先。拜仁最终2:1击败皇马，以客场进球数多的优势晋级下一轮。 。遗憾的是，由于整体实力不足，拜仁在2007年四大联赛全部失利。痛定思痛后，俱乐部在夏窗引进了卢卡·托尼和米罗斯拉夫·克洛泽。失去位置的马凯不得不转会到费耶诺德，并在三个赛季后退役。
马凯最终为拜仁效力了四个赛季德甲幽灵进球，在129场德甲比赛中攻入78球，在182场各项赛事中攻入103球。他帮助拜仁赢得了两次德甲冠军、两次德国杯冠军和两次联赛杯冠军。此外，麦凯还为拉科鲁尼亚队赢得了一次西甲冠军、一次国王杯冠军和两次西班牙超级杯冠军，为费耶诺德队赢得了一次荷兰杯冠军。